Das Forschungsprogramm umfasst drei miteinander verknüpfte Hauptforschungsbereiche (Domänen), die aufeinander aufbauen:
Hauptforschungsbereich I (Leitung: Bochum, München) zielt darauf ab, das Verständnis der Ursachen und Verläufe von psychischen Erkrankungen, komorbiden körperlichen Erkrankungen und gesundheitsfördernden Prozessen, die die Resilienz gegenüber psychischen Störungen und die Genesung davon vermitteln, zu erweitern.
Hauptforschungsbereich II (Leitung: Tübingen, Jena) soll den praktischen Nutzen der Forschung für die Patientinnen durch eine beschleunigte Umsetzung von Erkenntnissen optimieren, indem die biopsychosoziale Forschung (Hauptforschungsbereich I) und die Entwicklung präziserer Behandlungsmethoden eng miteinander verknüpft werden.
Hauptforschungsbereich III (Leitung: Berlin, Mannheim) vervollständigt den Translationszyklus und trägt dazu bei, gezielte Interventionen auf der Grundlage individueller Verläufe in die Lebensumwelt zu übertragen und umgekehrt individuelle Verläufe unter Berücksichtigung der Lebenswelt gezielt zu behandeln.
Die drei Hauptforschungsbereiche umfassen jeweils drei Cluster, die den thematischen Rahmen für lokale und standortübergreifende Projekte festlegen. Zusätzlich werden besonders dringende Forschungsfragen in drei gemeinsamen Leuchtturmprojekten bearbeitet: Früherkennung und Prävention, urbane psychische Gesundheit und verbesserte Psychotherapie. In der Aufbauphase des DZPG liegt der Schwerpunkt auf „Früherkennung und Prävention“. In diesem Leuchtturmprojekt sollen breit zugängliche Präventions- und Frühinterventionsinstrumente entwickelt und in die Versorgungspraxis gebracht werden.